Lypsettävien kotieläinten pidon alettua piti kehittää myös maidolle sopiva säilöntämenetelmä, varsinkin lämpimässä ilmastossa, jossa maito ei säily tunteja kauempaa. Kuten yllä kerrotaan, löytyi vasikoiden ja muiden imeväisiässä olleiden eläinten mahalaukusta juoksettunutta maitoa. Arvellaan, että ihminen keksi maidon juoksetuksen säilyttämällä sitä eläimen mahalaukusta valmistetussa leilissä. Juoksettuneen maidon eli juustomassan jälkikäsittelyssä kehittyi sitten runsas määrä erilaisia juustolajeja. Juuston makuun ja olemukseen vaikuttaa luonnollisesti myös maidon laji ja käsittely ennen juoksetusta – jopa sekin, mihin vuorokauden aikaan maito on lypsetty.
Mesopotamiassa juuston teko tunnettiin jo vuonna 5000 eaa., sillä sen aikaisen temppelin friisistä on löytynyt kuvaus happamen kermajuuston valmistuksesta. Vuohenjuustoa valmistettiin myös Antiikin Kreikassa: Homeroksen Odysseiassa kuvaillaan sen taianomaista voimaa ja Hippokrates määräsi sitä lääkkeeksi tulehduksiin. Juustoa uhrattiin Kreikassa myös jumalille. Antiikin roomalaisten ruokavaliossa ja sotajoukkojen muonituksessa juustolla oli tärkeä osa, ja he tunsivat jo renniinin käytön ja kovan juuston valmistuksen. Roomalaiset myös toivat pääkaupunkiinsa paljon juustoja valloittamiltaan alueilta.
Kaarle Suuri antoi keskiajalla luostareille tehtäväksi juuston valmistuksen muun maanviljelystoiminnan ohella. Tämän seurauksena juustontuotanto monipuolistui, ja papiston kirjoitustaidon myötä juustoreseptit säilyivät jälkipolville. Hansaliiton aikana 1200-1400-luvuilla hollantilaista juustoa kaupattiin Itämeren maihin, ja juustonvalmistuksen taito rantautui myös Pohjoismaihin. 1800-luvulla Ferdinand Cohn sai selville mikrobien osuuden juuston kypsymisessä, ja juustontuotanto tehostui kaikkialla.